وكالة الوزارة للشؤون الإدارية والمالية تعمل إلى جانب التقسيمات الأخرى بالوزارة على تحقيق اللبنات الأساسية للنظام الصحي وهي (التمويل، تقديم الخدمات الصحية، الحوكمة والقيادة، نظم المعلومات الصحية، الأدوية والتقنيات الطبية، الموارد البشرية). تقوم الوكالة بتوفير الموارد البشرية المؤهلة بمختلف التخصصات ( الإدارية والمالية والطبية والطبية المساعدة، والفنية ) وغيرها من التخصصات وتوزيعها في جميع المؤسسات الصحية والتقسيمات المختلفة للوزارة والمحافظة على نسب التعمين وفق توجهات الحكومة الرشيدة. تشرف الوكالة على تنفيذ مشاريع تشييد وبناء المؤسسات الصحية الجديدة بمختلف المحافظات بحسب مستوياتها واختصاصاتها، و تعمل على صيانة وتحسين المؤسسات الصحية القائمة واستبدال وترقية الأجهزة الطبية وإجراء الصيانة الدورية اللازمة لها في كافة المؤسسات الصحية وفقاً للاعتمادات المالية المخصصة. تعكف الوكالة على توفير المخزون من التموين الطبي للأدوية والمستلزمات الطبية لجميع احتياجات المستشفيات والمؤسسات الصحية بالاعتماد على الأساليب الحديثة في سلاسل الإمداد من الأدوية والمستلزمات لضمان وصولها في الوقت المناسب وبجودة عالية . تحرص الوكالة على توفر الموارد المالية واستدامتها اللازمة لخطط واحتياجات الوزارة ضمن الموازنات السنوية المعتمدة وتفاصيلها والموازنة (الجارية، والإنمائية، والرأسمالية) وذلك وفقاً لقواعد إعداد الموازنات الحكومية، وضبط طرق الصرف منها وإتباع المنهجية الواضحة عند طرح المناقصات وعمليات الشراء لضمان الشفافية بما يتماشى مع النظم واللوائح والقوانين المالية الحكومية المعتمدة. تسعى الوكالة نحو تعزيز مجال الشراكة والاستثمار من خلال تمكين مبادرات وزارة الصحة لتحسين كفاءة الإنفاق بالتعاون والتنسيق مع الجهات المختصة بالدولة .