وكالة التخطيط والتنظيم الصحي تضع في مركز اهتمامها رفع المستوى الصحي والعافية للفرد والمجتمع والتعامل مع المرض عند حدوثه، حيث تُعنى الوكالة بتقسيماتها المختلفة بمسارين أساسين هما: التخطيط والتنظيم الصحي في القطاعين الحكومي والخاص، فجانب التخطيط يعتمد على منهجية التخطيط القائم على الدليل والبرهان من حيث التوزيع الجغرافي للخدمات الصحية بمختلف أنواعها والمؤسسات الصحية المُقدمة للخدمات، أما مسار التنظيم الصحي فيعمل على وضع القوانين والتشريعات والأسس والضوابط التي تُنظم العمل في القطاع الصحي من خلال اللبنات الأساسية الست لنظام الرعاية الصحية على مستوى منظمة الصحة العالمية، والتي تشمل تقديم الخدمات الصحية والقيادة والحوكمة والتمويل والقوى العاملة والمعلومات الصحية والبحوث والمنتجات الدوائية واللقاحات والتقنيات الطبية والتكنولوجيا.